REM ، تأثير فعاليت مغزى روزانه كه مىتواند در سايكوفيزيولوژى خواب دخيل باشد 16 . اما در مورد كنترل شيميايى خواب ، يكى از عوامل تسهيل كننده خواب با حركات سريع ، استيل كولين است كه مهّم‌ترين گذرگاه آن در خواب مذكور ناحيه شكمى - جانبى پل مغزى ، يعنى هسته تگمنتوم است كه تخريبش سبب كاهش شديد خواب با حركات سريع چشم مىگردد 17 . از مهم‌ترين مدارهاى مغزى در خواب آهسته در ناحيه پيش مغز پايه يا هسته فوربرين بازال كه هسته‌اى كولينرژيكىست و نقش آن در حافظه محرز و تخريب آن در ايجاد بيمارى آلزايمر نقش به‌سزايى دارد . لذا به‌نظر مىرسد كه نقش سيستم كولينرژيك در تثبيت و ذخيره حافظه از خواب يا روياى ديده شده را در سيستم ليمبيك و كورتكس مغز مىتوانيم مطرح سازيم ؛ چراكه سيستم مذكور فعاليت كورتكس مغز را بالا مىبرد 18 . همچنين ناحيه پيش‌بينايى يا پرى اپتيك از ناحيه پيش مغز بينايى در تنظيم دما دخالت داشته ، گرم كردن اين ناحيه سبب خواب‌آلودگى مىگردد كه خود توجيه‌كننده احساس خواب‌آلودگى در حين تب است 19 . اگرچه برخى گزارش‌ها ارتباط نقش استرس و تجارب روزانه زندگى را در روياى شبانه مطرح مىسازند ، ولى اينكه نقش كولينرژيك را در جريان آگاهى در حين رويا براى اعمالى نظير نوشتن ، خواندن ، و غيره متمركز كنيم كمرنگ است 20 . از سيستم‌هاى نوروترانس‌ميترى ديگر در مرحله خواب دو سيستم گابا و نورآدرنرژيك را مىتوان نام برد كه در تنظيم هموستازيس روند خواب - بيدارى نقش دارند 21 و فعاليت تونيك نورآدرنالين مغزى بيش‌تر در حالت آگاهى و گوش‌بزنگى زياد است و در خواب REM حضور ندارد 22 ، زيرا در زمان خواب با حركات سريع